在国际反捕鲸协会现场协会会员都在讨论如何能够更好的保护海洋动物？，却有一个男人身上背着电视冲进了会议现场，电视画面上正在播出对于海豚的虐杀：在小小的峡湾里，渔民们手持钢叉往无助的海豚身上捅去，蔚蓝的海水在瞬间变为血红，海豚发出将死的哀嚎，渔民却在一旁笑意满满的观摩这场死亡，这段冒着生命危险拍摄的记录片，顿时引起了热烈的讨论，这究竟是怎么回事？是谁在进行如此惨无人道的虐杀？
在太地町屠杀海豚是种庆祝活动，光是太地町一个小渔村一年就能屠杀掉两万多条海豚，令人感觉无比虚伪的是在当地随处可见海豚萌化元素，让人误以为这是一个极度爱护海豚的地方。
为了揭露发生在这里的恶行，导演路易和海豚专家里克来到太地町，但刚到太地町他们就必须要戴上口罩掩盖行踪。
路易刚来时受到了热烈的欢迎，当地的市长甚至还亲自来见了他，但知道他的来意后一切都变了，现在他们到这里住旅店也被警方盘查。
海豚湾的渔民们拿着刀时刻盯着来往的行人，有次他们当着里克的面割开了一条幼年海豚的喉咙，就为了激怒他们打人，这样他们就有理由将他们驱逐，明显这件事情就有日本政府的参与。
其实海豚比人想象的还要聪明。它有自己的喜好和情绪，甚至有属于自己的语言。成年海豚的智商相当于人类5岁孩子的智商，在海里遇见落水的人它还会自发前去救援，因为面部自带笑容，还被人们亲切地称为“微笑天使”。但又有谁能够明白海豚表演背后的痛苦呢？
里克以前从事于海豚训练方面的工作，直到他相处了7年的伙伴死去，这不是自然的死亡而是种自杀行为，这让里克意识到海豚的微笑是世上最可悲的伪装，它从来不会因为表演和欢呼而快乐。
海豚是种听觉动物，周围都是一圈大声尖叫的观众，巨大的噪音会让海豚异常痛苦。在海里海豚每天能游64公里，海豚们喜爱在海浪里嬉戏捕食，和家人族群待在一起，失去自由的海豚会选择自杀，它们会有意识的控制着不再呼吸，直到自己窒息而死。
一条海豚的自杀，对海洋馆来说他们不过失去了一条鱼再买一条就是了，而日本海豚湾就是他们的“供货商”。
意识到这点的里克放弃了高薪的职业，毅然决然地加入保护海豚的行列中。
里克对海豚了如指掌，原本他已经被预定为“海洋哺乳动物研讨会”的主持人，但临开场时赞助商却将他的名字抹掉了，里克询问得知赞助商竟然是海洋世界，还有比这更让人感到讽刺的事情吗？一边伤害海豚，一边却摇旗呐喊的保护。
有个叫国际捕鲸委员会，它的唯一宗旨是保护各种野生鲸类动物但小型鲸类、海豚等这些容易被人伤害的鲸类却不在保护之列，而35年间都在保护海豚的里克被他们永久禁止出席会议。
该组织的副会长来自日本，因为该组织没有禁止研究类捕鲸，日本就利用这条漏洞堂而皇之地捕杀海豚和各种鲸类，他们先用船形成声墙，然后将成百上前头逼到海豚湾里，围上渔网，接着全世界的海豚驯养师都会过来挑选海豚。
死的六百，活的十五万，它们将会被带往各地的海洋馆一直表演到死，没被选上的海豚会被全部屠杀，它们身上的肉会被割去贩卖。
屠杀会从九月一直持续到次年三月大约会有两万三千只海豚在这里被宰杀。在太地町的“鲸鱼博物馆”中观众还能一边看海豚表演，一边嚼着海豚肉，他们赤裸裸地在海豚馆里出售海豚肉和鲸鱼肉，但这件事大多数日本人根本不知道这件事，究竟是谁有预谋的隐瞒了这件事呢？
实际上海豚肉含有高浓度的汞，日本规定海产品的汞含量为0.4ppm，但出售的海豚肉里就含有ppm的汞，这简直就像是汞里拌着肉！但这些肉出现在市场时都是“合格”的，而且都是以鲸鱼肉的名义出售的，这样的肉毒性不变，但会更贵！
这种毒杀同胞的事情日本人做的理所当然，就在几十年前日本最先进的智索公司暗中向海中倾倒废料，这导致周边城市出现大面积的汞中毒人群，汞会伤害人的神经元和婴儿的胚胎，婴儿畸形、心智丧失，悲剧不断在沿海各个家庭里上演，他们称这种病为“水俣病”，并将这种病宣传成遗传问题，他们就是用这种自欺欺人的方式，将这件事掩盖了12年之久，并且这场惨剧依旧还在上演，日本究竟还要愚弄民众多久？
海豚肉还被日本政府当成福利赠送给全国的学校当成孩子的午餐肉。就算路易他们带着BBC、泰晤士报、时代周刊等人来调查也会被暴力阻拦。
没有证据就无法取信于他人，后来在朋友的帮助下他们弄到一台能在晚上拍摄的红外热成像仪，并将高清摄像机伪装成石头。
他们一到现场就能看见小海豚奋力在海豚湾里游动，它每次摆尾，身后就涌起大片的血迹，小海豚不断挣扎着，最终还是沉了下去，而它的父母和族群就不远处被整个屠杀，血大片大片地在海上涌起。看到这惨痛一幕的女记者忍不住潸然泪下，而造成这一切的日本人正站在路边嬉笑。
为了挽救这些海洋精灵，他们趁着天黑将器材放置海豚湾的隐蔽处。先传过来的是无数只海豚如同婴儿般的鸣叫声，接着是岸上的日本人在和同伴炫耀自己杀掉的鲸鱼，他们将海豚逼到一处浅水区，然后合伙用钢叉狠狠地捅在它们身上，清澈的海水瞬间变为一片血红，就连刚刚出生的小海豚他们都屠杀取肉，这样惨无人道的杀戮到底还要持续多久？
自年起日本就援引了一些“科学数据”将国际渔业的产量的减少归咎于海豚和鲸鱼，而且将海豚归于“害鱼”。实际上鱼类减少是人类自己造成的鲸鱼海豚本就是自然界的一部分。
日本有全球最大的水产市场，所有人类已知的鲸类，只要靠近日本就将遭遇灭顶之灾。但作为一个在全世界不同海域大肆捕鱼的国家来说捕杀海豚和鲸鱼其实并不必要，这只是所谓的大日本帝国的思想余孽在作祟，他们要用杀鲸鱼和海豚来显示自身的勇武！
就此事向日本官员询问时他称他们的捕杀技术已经大大提高，太地町会用刀具让海豚无痛苦的死亡，但当路易将现场拍摄的画面给他看时，他却反问路易在什么地方拍到的，对方甚至还要对路易等人进行追责。
路易将仪器放在胸前，将里面残忍屠杀海豚的画面给每个人看，很多人都沉默着。路易很快被人赶了出去，然后他带着仪器站在街头给每个人看那片鲜红的海豚湾只要能救下一只海豚他做的就有意义。此片在日本很快被列为禁片，而且参与拍摄的工作人员全被禁止入境。
虽然《海豚湾》在国际上引起巨大的反响，但日本依旧没有停止捕杀海豚和鲸鱼甚至在日本周边渔业资源枯竭后，日本还组织捕鲸船以科研的名义前往北极捕鲸对我们来说无论何时都要反对日本此等恶劣行径，海洋是全世界所有人共有，并不是日本一家的后花园。