水处理系统消毒是保证透析用水微生物质量的关键。合理制定消毒计划，本着预防性为主的原则，定期对水处理系统的反渗膜和反渗水箱及管道系统进行消毒。消毒反渗膜可使用低浓度过氧乙酸和专用反渗膜消毒剂。次氯酸钠、高浓度过氧乙酸和臭氧等强氧化性消毒剂不适合反渗膜的消毒。
反渗水箱和反渗水循环管道容易发生生物膜污染，要使用能清除它们的消毒剂，次氯酸钠、臭氧和一些专用消毒剂对清除生物膜有一定效果，另外有专门的生物膜清洗剂可有效清除生物膜。如果采用与透析机联机消毒的方式可以同时消毒透析机反渗水进水软管，最大程度地减少消毒盲区。
透析机水处理系统的保养和消毒方法水处理系统的消毒主要有化学消毒和热水消毒及局部的臭氧和紫外线消毒
(一)化学消毒
化学消毒法是目前我国血液透析中心水处理系统最常用的消毒方法。消毒时，将消毒剂配制成合适的浓度后，通过循环泵(或高压泵)使消毒剂循环到整个系统。化学消毒的优点是如果操作正确，浓度配制准确，消毒效果是非常优秀的，而且它不受系统本身的限制，可以对目前几乎所有的水处理系统进行消毒。
目前可以在水处理系统消毒中使用的消毒剂主要是过氧乙酸和一些专用消毒剂，次氯酸钠可以应用于反渗水箱和反渗水循环管道的消毒。
1.过氧乙酸：过氧乙酸是目前常用高效消毒剂，它有很好的消毒效果。但使用中应该注意最终的浓度，浓度过高，消毒效果虽然更好，但对于水处理系统的一些材料会有较大的腐蚀性，特别是反渗膜，可严重降低其寿命或使其失效，因此，消毒剂与反渗膜接触的有效浓度最好不要超过0.2%。另外，过氧乙酸的稳定性很差，应该当时稀释当时使用，避免消毒液失效。另其对温度敏感，所以使用中要控制温度不要超过25℃(或参照设备厂商的要求)。
2.次氯酸钠：次氯酸钠不建议用于反渗膜的消毒，但是作为反渗水箱和反渗水循环管道的消毒效果非常好，特别是对于生物膜的清除有一定的作用。
透析机水处理系统的保养和消毒方法3.水处理专用消毒剂：目前一些厂家提供了专业的消毒产品，因为是针对水处理系统消毒的专用消毒剂，其特点是消毒效果好，稳定性强。安全性高，对设备的腐蚀性很低，不会降低水处理的稳定性和使用寿命。因为可以自然降解成无害的水和醋酸，对操作人员和环境也没有危害。
化学消毒过后残留在设备中的消毒剂可能对患者和操作者产生危害。残余物的量根据消毒剂的使用条件、材料的特殊成分和设备冲洗的方法的不同而有变化。因此，将残留物分析和定量是非常重要的，这样可以避免对患者的潜在健康危害。
另外，在设备更换消毒剂的过程中工作人员完全暴露在消毒剂溶液下，因此，要对工作人员在操作消毒剂过程中对健康的潜在危害有一个评估，要有恰当的预防措施。
无论用那种消毒剂，都要考虑是否有相应的检测手段，并且在操作过程中对消毒液进行检测，检测包括两个指标，有效浓度和残余浓度，即在消毒时确定系统内各个部位的消毒剂浓度是否达到了有效浓度，在消毒结束后，要确定消毒剂是否已经冲洗干净，残余浓度是否已经在安全范围内(过氧乙酸3ppm，次氯酸钠0.5mg/L)。如果没有检测手段或没有检测，那么我们很难确定最终的消毒结果和安全性。
(二)热水消毒
热水消毒是目前在国际上比较推崇的水处理系统消毒方法。热水消毒水处理系统分为两种，一种是只能对反渗水循环管路热水消毒，而且管路也必须用耐热的PVDF,PEX或不锈钢管等材料制成。另外一种热水消毒是能够对反渗膜和反渗水循环管路全部进行热水消毒。
热水消毒功能往往是水处理系统自身配置的，操作较简单，因此可以频繁的操作。另外，热水消毒只是对水进行加热，没有化学药剂，不存在残留问题，安全性高，对患者和操作人员没有伤害。
透析机水处理系统的保养和消毒方法热水消毒系统一般是在水处理系统上设置一个可以自动控制的水加温系统，在消毒时，加温系统自动将水加热到85~90℃，同时将热水循环至整个水处理系统，达到消毒的目的。应该注意的是能够进行热水消毒的水处理系统与普通水处理系统是不一样的，主要是反渗膜的连接材料，管路，阀门等需要加热的部位需要使用特殊材料，装配要求也更严格一些。如果是可进行反渗膜热水消毒的水处理系统，要求是能够耐高温的反渗膜。
热水消毒相对于化学消毒方式有很多优点：首先是没有消毒剂残留的危险；同时节省了大量用于冲洗消毒剂的反渗水；消毒程序可以自动进行，不需要人员守候。但是也要注意，热水消毒系统的效果决定于加热的温度和加热的速率，一旦温度和加热速率没有达到消毒的要求，其消毒效果就会大打折扣。热水消毒不能清除已经产生的生物膜，但是，热水消毒操作简单可以频繁进行的特点可以预防生物膜的产生。另外，热水消毒系统虽然不消耗化学消毒剂，每次消毒成本也不高，但是由于设备造价高，加之目前我们对水处理系统在整个透析设备中的重要性认识尚不够充分，因而限制了热水消毒在我国的普及。
(三)臭氧消毒
臭氧在有效的浓度和时间内可以有效地杀灭细菌和降解内毒素。它是通过空气中的氧产生后被注入到系统的水中。浓度0.2~0.5mg/L接触10min可以完全杀死细菌、孢子和病毒。如果要清除内毒素则需要更高的浓度和更长的接触时间，臭氧的产生要被监控，要定期检测周围空气中臭氧的浓度小于0.1ppm的标准。
臭氧为强氧化剂，对一些材料的腐蚀性很大，可加速设备的老化，使用上要注意。适合臭氧消毒的管道包括PVC(低浓度)，PVDF和不锈钢。鉴于臭氧的强氧化性而对反渗膜产生损伤，不推荐作为反渗膜的消毒方式。臭氧易于生产(仅需要空气和臭氧发生器)而且不需要长时间冲洗，所以可以非常方便的对水箱和供水管路消毒，但是要考虑对气囊中橡胶的腐蚀。
(四)紫外线消毒
对于有反渗水水箱的非直供水处理系统，将紫外线灯安装在水箱内可以起到杀死细菌的目的。紫外线发射决定于灯的频率，并且随着时间而降低，要谨慎控制。由低压汞灯发射的波长在nm的紫外线对杀灭细菌有效，要确保30mWs/cm2的放射剂量。紫外线对内毒素的清除能力非常低，最好与超滤器配合使用。
水处理设备消毒可由透析室的专职技师来做，没有专职技师的透析室可请水处理设备生产厂家的工程师或专业的水处理消毒公司。但是，有一点要特别注意就是消毒的过程一定要专业，并有事后的细菌和内毒素检测结果证明消毒过程的有效性，并且要避免消毒剂的残留。