影响农产品质量安全的危害因素来源主要有以下5个方面。
（1）种养殖过程可能产生的危害。如不合理使用或非法使用农药、化肥造成的残留污染。
（2）产地环境可能产生的危害。包括土壤中的铅、镉、汞、砷等重金属元素，石油烃、多环芳烃、氟化物等有机污染物，以及六六六、滴滴涕等持久性有机污染物，养殖环境中的氨气、一氧化碳、甲烷，以及水体中的抗生素、洗涤剂、重金属元素等。
（3）保鲜包装储运可能产生的危害。包括不合理或非法使用保鲜剂、催熟剂，以及包装运输材料中含有有毒有害化学物质等产生的污染。
（4）农产品自身生长发育过程中产生的危害。包括植物内生真菌毒素，如黄曲霉毒素、赤霉素等；人畜共患疾病，如沙门氏菌、禽流感病毒等。
（5）农业生产中新技术应用带来的危害。包括外来物种侵入、新型投入品的引进、新型加工工艺等可能造成的危害。
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